Bischof Aichern verstand den Dialog mit dem Judentum als grundlegende Verpflichtung der Kirche. Er förderte Begegnung, Bildung und gegenseitige Wertschätzung, war über Jahre hinweg präsente und unterstützende Persönlichkeit beim Tag des Judentums und nahm regelmäßig an christlich-jüdischen Veranstaltungen teil. Er pflegte den persönlichen Kontakt zu Mitgliedern der Linzer jüdischen Gemeinde, wie es seinem herzlichen und kommunikativen Naturell entsprach. Wegweisend war die von ihm initiierte Gründung des Referats Ökumene und Judentum der Diözese Linz. In Oberösterreich, dem Standort des ehemaligen KZ Mauthausen mit seinen unzähligen Außenstellen, sah er das Gedenken an die Opfer der NS-Vernichtungsmaschinerie als besondere Verpflichtung für die Kirche und für sich persönlich an.

Der Koordinierungsausschuss für christlich-jüdische Zusammenarbeit bewahrt ihm ein ehrendes und dankbares Andenken.